El Plan de Tacubaya fue promulgado por un grupo de conservadores que exigían que se derogara la Constitución de febrero de 1857, otorgando facultades extraordinarias al presidente Ignacio Comonfort. Esta declaración se llevó a cabo en el Palacio Arzobispal de la antigua Villa de Tacubaya.

En ese tiempo la Iglesia apoyó este plan y amenazó con excomulgar a quienes acataran las reformas constitucionales. En un país de mayoría católica, tal amenaza tenía un peso bastante fuerte. Es importante mencionar que muchos de los conservadores que se oponían a la Constitución de 1857 habían participado en el proceso de Independencia de México.

Benito Juárez, ministro de Gobernación en ese entonces, no se pronunció a favor del plan; el mes anterior, noviembre de 1857, había expresado que una situación así no habría de ocurrir, por lo que fue apresado.

En enero de 1858, Zuloaga decide exluir a Comonfort del Plan, con el argumento de que el Presidente mantenía una actitud ambigua en relación con el mismo, por lo que Comonfort solicita la ayuda de Juárez y lo deja en libertad. El Plan de Tacubaya se reveló entonces como un golpe de Estado para derogar la Constitución de 1857.

Zuloaga estableció un gobierno conservador, en tanto que Juárez, que se había dirigido a Guanajuato, estableció un gobierno paralelo con la ayuda del general Manuel Doblado, a la sazón gobernador del estado. Con estos acontecimientos da inicio la Guerra de los Tres Años, durante la cual Juárez mantuvo una presidencia errante, que incluyó un breve exilio, dada la persecución de Zuloaga. Sin embargo, su causa fue ganando numerosos apoyos, que posteriormente servirían para que los liberales retomaran el poder. Juárez terminó siendo Presidente tras la guerra, promulgando las Leyes de Reforma que había redactado durante la persecución.