El 1 de marzo de 1854 fue proclamado el Plan de Ayutla por el coronel Florencio Villareal y apoyado por Juan Álvarez e Ignacio Comonfort. En este documento se desconocía al gobierno de Santa Anna. Asimismo, se planteaba nombrar a un presidente interino, quien convocaría a un Congreso extraordinario para la elaboración de una nueva Constitución.
El mismo general Juan Álvarez encabezó el movimiento militar, que se extendió por diversos estados del país, obligando a Santa Anna a renunciar el 12 de agosto de 1855 y huir a la Habana, Cuba.
Este evento provocó enfrentamientos entre los liberales y conservadores, las discrepancias sobre las formas de gobernar y las reformas sobre el clero y el ejército no conciliaba los intereses de los políticos de ese momento. Sin embargo, Ignacio Comonfort logró conciliar a los dos bandos y Juan Álvarez es nombrado Presidente interino y dura en este cargo sólo dos meses.
El Plan y el levantamiento de Ayutla marcan el inicio de otro momento histórico de nuestro país, el inicio de la Guerra de Reforma.