Nació el 25 de abril de 1863 en Comitán, Chiapas. Su padre fue miembro del Partido Liberal y en la defensa de Comitán contra los franceses perdió una pierna, su madre era originaria de Guatemala.

Estudió la primaria y secundaria en el Instituto de Ciencias y Artes en San Cristóbal Las Casas. En 1879 se trasladó a Francia con uno de sus hermanos, para estudiar en Chevalière y luego el State College en la escuela de medicina de la Universidad de la Sorbona en París, donde, en 1889, recibió su título profesional de médico cirujano, obstetra y oculista.

Regresó a Comitán a 1889 donde comenzó a practicar como médico. Realizó viajes a las zonas más marginadas del Estado para atender a los enfermos, además de crear clínicas gratuitas.

En 1903, ya en la Ciudad de México, publica una carta en la que denuncia a los gobernantes de su estado natal de corruptos e ineptos. El descontento contra el gobierno de Porfirio Díaz comenzaba a expandirse por todo el país. 

En 1911 Domínguez fue elegido Alcalde de Comitán, Partido Liberal y un año más tarde, Senador sustituto elegido por el Club Liberal. 

Como senador pronunció un discurso memorable en el Congreso durante la Revolución Mexicana contra el dictador Victoriano Huerta, por lo que se cree fue el motivo de su asesinato.  

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En el régimen Huertista se prohibió la difusión y lectura de los discursos de Domínguez, ya que de manera reiterada llamaba a Huerta como “usurpador, asesino, traidor y vergüenza nacional”.

El 7 de octubre de 1913, Dominguez es detenido de manera ilegal en su habitación de hotel y conducido a una casa en Tacubaya; donde es torturado, su lengua es removida y asesinada. Su cuerpo que no se quemó fue enterrado cerca del cementerio de Coyoacán.

Muchos intelectuales consideran a Belisario Domínguez como la brújula moral de México en un momento en que había poca libertad y su sacrificio heroico fue un precursor de la revolución.

Hoy Comitán se llama oficialmente Comitán de Domínguez como un reconocimiento a este valiente político. Además, una de las medallas más altas del país es la Medalla de Honor Belisario Domínguez del Senado, una presa en su memoria y el día conmemorativo del héroe de México.

La Medalla de Honor Belisario Domínguez es el máximo galardón otorgado por el Senado de México y forma parte del Sistema de Honores de México y actualmente es el premio activo más alto de México y ha sido entregado cada año desde 1954 por el Senado de México a eminentes mexicanos con una distinguida carrera de por vida que contribuyeron más “al bienestar de la Nación y la humanidad”.