Nació el 22 de julio de 1800  en Guadalajara, Jalisco fue el único hijo de Don  Manuel López Cotilla y de doña Juana María de Berenjena. Manuel nació en una época en la que la religión ocupaba un lugar importante en todas las esferas sociales, por lo que sus padres lo inscribieron en el Seminario Conciliar de San José, donde estudió artes, latín y filosofía. 

A los 15 años quedó huérfano de padre y tiempo después su madre se casó y Manuel abandonó su casa y se fue a vivir a una finca de la población de Toluquilla, al sur de Tlaquepaque, donde estudió de manera autodidacta dibujo y matemáticas. A los 18 años padeció tuberculosis, enfermedad que lo afectó por el resto de su vida. Sus biógrafos aseguran que esta enfermedad influyó para permanecer soltero y alejado de la vida social.  

En 1828 fue nombrado Síndico del Ayuntamiento de Guadalajara y por su desempeño asumió después el cargo de  Regidor del Ayuntamiento de Guadalajara y encargado de la Comisión de Aguas, en donde realizó una profunda investigación sobre  la problemática del abastecimiento del agua para la ciudad. 

A Manuel López Cotilla se le reconoce como el iniciador del programa para la fundación de escuelas primarias y de una serie de reformas que fueron propuestas en su carácter de regidor. Le dedicó atención especial a la población de Toluquilla en donde fundó tres escuelas primarias para niños. 

Asimismo, realizó una serie de reformas como el Reglamento para las Escuelas Municipales de Jalisco donde se establece la normatividad del ejercicio magisterial, para determinar la actividad de los maestros, asimismo, propuso la distribución de premios y exámenes periódicos.

Tiempo después, se le dio el puesto de Inspector General de Educación del Estado, cuyo cargo ocupó por casi 20 años, los primeros trece sin sueldo. También formó parte de la Junta Directora de la Escuela de Artes Mecánicas, institución que era un modelo educativo con capacitación para el trabajo. Con esta experiencia Manuel López Cotilla integró dos manuales para los oficios de cerrajero y carpintero. Para él fue fundamental darle un sentido práctico a la educación. 

Entre las obras didácticas que escribió destacan: “Recreaciones geométricas y curiosas combinaciones para formar pavimentos”; “Cuaderno de geometría práctica de las escuelas” y “Estadística del Estado de Jalisco”. 

Además, escribió un análisis y recapitulación sobre la situación educativa en Jalisco, titulado “Veinte años de escuelas”.

En 1837 fundó una escuela para niñas en San Pedro Tlaquepaque, muy similar a las de niños. En total, como inspector tuvo a su cargo el funcionamiento de 22 escuelas en Guadalajara y en las poblaciones aledañas. 

Sus problemas de salud lo obligaron a renunciar pero siguió en contacto con las autoridades educativas y con los docentes hasta el día de su fallecimiento, el 27 de octubre de 1861. Sus restos se encuentran en la rotonda de Personas Ilustres de Guadalajara y fue declarado en 1891, Benemérito del estado por el gobierno de Jalisco.