Nació el 16 de septiembre de 1873 en San Antonio Eloxochitlán, Oaxaca, México.

Fue el segundo de los tres hijos de Margarita Magón, hija de hispanoamericanos, y de Teodoro Flores, un teniente coronel mestizo que combatió en contra de la invasión estadounidense, en la Guerra de Reforma, en el ejército liberal de Benito Juárez. Se crió en el seno de una familia de tradición liberal.

A los ocho años emigró junto a su familia a la Ciudad de México, donde cursó estudios en la Escuela Nacional Preparatoria. Después estudió Derecho en la ciudad de Oaxaca de Juárez

Desde 1893, escribió en El Demócrata, donde criticaba severamente al presidente Porfirio Díaz y a su administración. En 1900, junto con su hermano Jesús, fundó el periódico Regeneración como medio de oposición al porfiriato.

Su activismo político lo obligó a exiliarse en 1904 en en la ciudad de Saint Louis (Missouri) en los Estados Unidos,  radicándose , donde fundó en 1906, con su hermano Enrique, el Partido Liberal Mexicano, el cual fue muy bien aceptado entre obreros y campesinos, y que en su manifiesto de fundación no sólo criticaba la dictadura del gobierno sino que exigió la jornada laboral de ocho horas, el descanso dominical obligatorio y el reparto de tierras. 

Partido Liberal, estuvo detrás de las huelgas de 1906 y 1907 en la localidad minera sonorense de Cananea y en la zona industrial veracruzana de Río Blanco que fueron reprimidas con gran violencia por el régimen de Porfirio Díaz.

Tras el estallido en 1910 de la revolución que obligó a la renuncia del dictador Díaz, los hermanos Ricardo y Enrique Flores Magón promovieron la insurrección de Baja California. Tomaron las ciudades de Mexicali y Tijuana e intentaron fundar una república socialista, aunque fueron derrotados por las tropas gubernamentales y retrocedieron a Estados Unidos. Siguieron combatiendo a los gobernantes que durante la Revolución Mexicana, sucedieron a Porfirio Díaz, como fueron los presidentes Francisco I. Madero y Venustiano Carranza.

Sus biógrafos aseguran que se relacionó sentimentalmente con María Talavera Broussé, integrante del Partido Liberal Mexicano durante su exilio en los Estados Unidos.

Con Librado Rivera publicó un manifiesto revolucionario en 1918 dirigido a los anarquistas de todo el mundo y las autoridades estadounidenses le condenaron a 20 años de cárcel sufriendo un cruel y despiadado régimen carcelario.

Ricardo Flores Magón falleció con 49 años y casi ciego, el 21 de noviembre de 1922, en la penitenciaría federal de Leavenworth, en Kansas, Estados Unidos.