Mediante decreto presidencial publicado el 6 de junio de 1990 se crea a la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Gobernación y en 1992 se eleva a rango constitucional, con personalidad jurídica y patrimonios propios.
Otra reforma realizada en 1999 le da plena autonomía y gestión presupuestaria de tal forma que se convierte en el Ombudsman de México defensor de los derechos humanos de los mexicanos.
Entre sus principales funciones destacan: