Ante la presión ejercida por los estudiantes y los  profesores, el Presidente Emilio Portes Gil publica la  Ley Orgánica que le daría autonomía a la Universidad Nacional Autónoma de México. Esta normativa ubica al Consejo Universitario como la suprema autoridad, el cual se conforma por el rector, los directivos  de las diversas facultades, escuelas e instituciones que forman parte de la Universidad.

El proyecto de Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de México, formulado por el entonces Presidente Emilio Portes Gil, fue aprobado el 22 de julio de 1929.

Esta ley estableció que la investigación científica se realizaría por medio de la extensión universitaria; las enseñanzas que se impartían en sus aulas a quienes no estuvieran en posibilidades de asistir a escuelas superiores; la modificación de su estructura normativa, colocando al Consejo Universitario, como suprema autoridad, formado éste por el rector, los directivos de las diversas facultades, escuelas e instituciones que forman parte de la comunidad universitaria. 

Es importante mencionar que esta Ley no otorgó en su totalidad la autonomía a la Universidad ya que el rector era nombrado por el Consejo Universitario, a partir de una terna propuesta por el Presidente de la República y de acuerdo a las viejas prácticas el rector era elegido por el Ejecutivo. Además, el Presidente podía interponer un veto a las decisiones del Congreso Universitario. 

Asimismo, se obligaba a la Universidad a la entrega de un informe anual de labores al Presidente, al Congreso de la Unión y a la Secretaría de Educación Pública y el Estado tenía plena facultad a través de la Contraloría de la Federación para la revisión del gasto realizado por la Universidad.