Nació en Valladolid, hoy Morelia, Michoacán. A la muerte de su padre, fue su abuelo materno quien lo apoyó con su formación inicial.

Los estudios los realizó en Morelia, donde fue discípulo de Don Miguel Hidalgo y Costilla. A la edad de 14 años se fue a la Hacienda de su tío donde trabajó de arriero. También dio clases de gramática y retórica durante dos años en Uruapan.

Su abuelo materno era un rico hacendado, al morir heredó a su hijo natural con la condición de que fuera sacerdote, lo cual no sucedió y la herencia pasó a José María con la misma condición, por lo que se ordena en 1797 y ejerce como párroco.

Mantuvo una relación amorosa con Brígida Almonte, con la que tuvo a sus hijos Juan Nepomuceno Almonte, nacido en 1803 y a Guadalupe Almonte, nacida en 1809, y aunque se responsabilizó de su crianza y educación, no les dio su apellido. 

Al año siguiente de que nace su hija, es nombrado por Miguel Hidalgo Jefe Insurgente en el sur de México. En tres años conquistó la mayor parte del sur, del centro del país. 

A la muerte de Hidalgo, se quedó al frente del movimiento de independencia. En diciembre de 1813, las fuerzas realistas le vencieron en Santa María, por lo que se vio obligado a mantenerse en una guerra defensiva. Convocó el Congreso de Chilpancingo, que emitió una declaración de independencia, promulgó la primera constitución en la historia de México, la Constitución de Apatzingán, el 22 de octubre de 1814, y se le nombró Generalísimo del gobierno insurgente. Rechazó ser tratado como "alteza", proclamándose como "Siervo de la Nación”.

Acosado por las tropas enviadas por el virrey Calleja, no pudo escapar y fue capturado por los realistas en noviembre de 1815, mientras protegía al Congreso en su retirada hacia Tehuacán, Puebla.

En la simulación de juicio, se le acusó de herejía y se le despojó de sus hábitos. Después fue entregado a las autoridades seculares y fusilado el 22 de diciembre de 1815 en San Cristóbal Ecatepec. Coaccionado por sus verdugos, se retractó a cambio de recibir los sacramentos antes de morir.

Fue autor de uno de los documentos más importantes de México, el titulado Los Sentimientos de la Nación.