Enrique Flores Magón nació en Teotitlán del Camino, Oaxaca, fue el menor de los tres hermanos Flores Magón, vivió los primeros años de su infancia en Oaxaca y su familia migró a la Ciudad de México. 

En 1892 comenzó a participar en las manifestaciones contra la tercera reelección del presidente Porfirio Díaz.

Desde muy joven se inició en el periodismo junto con sus hermanos Jesús y Ricardo, en 1902 cuando colaboraba en “El hijo del Ahuizote'' fue apresado junto con Ricardo y enviados a la prisión militar de Santiago Tlatelolco, en el encierro decidieron difundir propaganda anarquista en México.

En enero de 1903 salieron de la cárcel y continuaron con la publicaciones del El hijo de El Ahuizote, el 5 de febrero en el balcón de las oficinas del periódico colocan un gran crespón negro y una pancarta con la leyenda “La Constitución ha muerto…” misma que Enrique Flores Magón dibujara.

Meses más tarde, participó en la irrupción de liberales en una manifestación a favor de Porfirio Díaz y se tornó en una manifestación de protesta, días después fue apresado y recluido en la cárcel de Belem ubicada en la Ciudad de México. Cuando fue liberado junto con su hermano, Porfirio Díaz hizo publicar un decreto en el que prohibía las publicaciones de los hermanos Flores Magón y si incumplían serían objeto de severos castigos.

Ante la represión política del gobierno de Porfirio Díaz, los hermanos Flores Magón decidieron salir del país rumbo a Laredo, Texas. 

Ya viviendo en Estados Unidos publica el periódico Regeneración fundado en 1900 por sus hermanos Jesús y Ricardo, y organizó la red clandestina para su distribución en México hasta 1917, año en que se separa de la Junta Organizadora del Partido Liberal Mexicano y del grupo editor de Regeneración.

En 1923, después de la muerte en prisión de su hermano Ricardo regresó a México. En 1933, junto con líderes de la Liga Nacional Agraria, participó en la fundación de la Confederación Campesina Mexicana en San Luis Potosí que apoyó la candidatura de Lázaro Cárdenas.

Se entrevistó con el historiador Samuel Kaplan y de su conversación se editó el libro “Combatimos la tiranía; un pionero revolucionario mexicano cuenta su historia”, publicado en 1958. Falleció en la Ciudad de México el 28 de octubre de 1954.