Nació en San Juan del Río, Durango. Su niñez la vivió en la pobreza entre campesinos y mineros. A los 17 años se casó con un minero a quien ella le enseñó a leer ya escribir, con él procreó tres hijos y quedó viuda muy joven.

Juana Belem, fue autodidacta y la escritura se le facilitaba además de gustarle, por lo que no se hizo difícil dedicarse al periodismo. Escribió para periódicos liberales y opositores al gobierno de Porfirio Díaz. Su primer encarcelamiento fue precisamente por uno de artículos  que escribió sobre las injusticias laborales que se cometían en el Mineral de la Esmeralda en Chihuahua. 

En 1899 crea el Club Liberal Benito Juárez en Minas Nuevas, Coahuila. Dos años más tarde se mudó a Guanajuato donde fundó un  semanario audaz y sarcástico, Vésper, con el lema  “Justicia y libertad”. Cabe hacer mención que este semanario se publicó de manera intermitente a través de la vida de Juana Belem ya que fue encarcelada y perseguida en varias ocasiones.

Al gobernador de Guanajuato y al obispo no les agradó la publicación por lo que el 9 de noviembre de 1901 la imprenta es decomisada y Juana Belén es buscada por las autoridades por lo que se ve obligada a escapar a la Ciudad de México, desde donde reanuda la publicación por medio de suscriptores. 

Ya en la Ciudad de México, Juana Belén se relaciona con algunos precursores de la Revolución. Pronto se convierte en la figura femenina más destacada. En 1903, se instaló en la ciudad de México el Club Liberal Ponciano Arriaga, dirigido por Camilo Arriaga, el grupo de este club fue detenido y Juana Belén regresó a la cárcel por rebelión y sedición. Cuando la liberan, se exilió en los Estados Unidos y reanuda la edición de Vésper.

Asimismo, fue fundadora de las Hijas de Anáhuac, grupo formado por unas 300 mujeres libertarias en 1907 y que exigían mejores condiciones laborales para las mujeres. 

A Juana Belem se le considera como una de las pioneras del feminismo mexicano, ya que fue una de las primeras en exigir al gobierno de Francisco I. Madero el voto de las mujeres y reivindicaciones laborales para las trabajadoras.

Tras el triunfo de la revolución y luego de decepcionarse del gobierno maderista, se une al movimiento zapatista y se establece en Morelos. Desde allí apoya la causa mediante propaganda y con su incesante labor periodística. El caudillo Emiliano Zapata la pone al frente de un regimiento militar, llamado Victoria, y la nombra coronela.

Durante el huertismo también es encarcelada, lo mismo que en la guerra entre las facciones revolucionarias por oponerse al carrancismo.

Terminada la lucha armada, en 1922 se vuelve maestra misionera de la cruzada vasconcelista contra el analfabetismo en Jalisco y Zacatecas. Después es nombrada inspectora de escuelas rurales en este último estado, donde fundó la organización indigenista Consejo de los Caxcanes.

Su visión a favor de los indígenas quedó plasmada en ¡Por la tierra y por la raza! (1924). Luego fue nombrada directora del Hospital Civil zacatecano. Regresa a la Ciudad de México en 1932 y es la última etapa de Vésper. Años más tarde, se mudó a Michoacán para dirigir la Escuela Industrial para Señoritas de Morelia, bajo el amparo del gobernador Gildardo Magaña, antiguo compañero zapatista.

Su pensión de cinco pesos, otorgada por el Estado mexicano por sus servicios a la Revolución, no le alcanzaría para tener una vida sin preocupaciones. Enferma, pero sin dejar la lucha social ni rendirse ante la indiferencia, finalmente muere en la pobreza en Ciudad de México, a los 67 años.