Nació en San Antonio Eloxochitlán, Oaxaca, el 16 de septiembre de 1873, fue el segundo de los tres hijos de Margarita Magón, hija de hispanoamericanos y de Teodoro Flores, un teniente coronel mestizo que combatió en contra de la invasión estadounidense, en la Guerra de Reforma, en el ejército liberal de Benito Juárez. Ricardo creció en el seno de una familia de tradición liberal.
Los padres de Ricardo se conocieron en 1863, en la defensa de la Ciudad de Puebla contra el ejército francés.
La infancia de Ricardo transcurrió en Teotitlán del Camino, un pueblo comunero fundado desde antes de la llegada de los españoles. Era una comunidad organizada, donde los bienes se repartían entre todos y de acuerdo a las necesidades de las familias. Estas experiencias fueron la base de una conciencia social de Ricardo y de sus hermanos.
A los ocho años emigró junto a su familia a la Ciudad de México. Su madre fue la que tomó la decisión de mudarse, ya que quería que sus hijos estudiaran y tuvieran mejores oportunidades.
En la Ciudad de México se instalaron en un cuarto de vecindad donde la familia por las noches se reunía y los padres comentaban sobre las injusticias que se cometían en el gobierno de Porfirio Diaz como que los trabajadores en la fábricas y los jornaleros agrícolas fueran obligados a trabajar jornadas de 12 horas diarias. Fue así que Ricardo y sus hermanos en su juventud comenzaron a pensar en buscar mecanismos que cambiaran la situación social principalmente de la población que vivía en la pobreza.